如果ISO9000认证未通过，企业需要先仔细分析未通过的原因，并针对原因采取相应的措施进行改进。以下是一些可能的处理方式：
了解原因：ISO9000认证未通过，审核人员会提供一份不合格报告，企业需要仔细分析不合格报告中的各项内容，尤其是未通过的原因。这些原因可能包括企业的质量管理体系存在漏洞、文件不符合要求、记录不完整等等。
制定改进措施：在了解了认证未通过的原因后，企业需要制定相应的改进措施。这些措施可能包括修改文件和记录、完善质量管理体系、提高员工素质和技能水平等等。
实施改进措施：制定改进措施后，企业需要认真实施这些措施，并确保这些措施的有效性和可操作性。同时，企业需要加强内部沟通和协调，确保各个部门和员工都能够积极配合实施改进措施。
重新申请认证：在实施改进措施后，企业需要重新申请ISO9000认证。在重新申请认证前，企业需要仔细审查质量管理体系和文件，确保已经解决了之前未通过的原因，并符合ISO9000质量管理体系的要求。
ISO9000认证未通过可能会给企业带来一定的经济损失和声誉损失，因此企业需要认真对待认证过程中的各个环节，并尽可能避免出现认证未通过的情况。同时，如果ISO9000认证未通过，企业需要积极采取措施进行改进，并确保重新申请认证时能够顺利通过审核。