IS09000与CMMI均可作为软件企业的过程改善框架。CMMI仅仅适用于软件行业，而IS09000的适应更广泛，但绝不是说IS09000不适合软件企业。实际上ISO9001和CMMI遵循共同的管理思想，它已经彻底解决了94版的制造业痕迹较重、标准按要素描述、难于在软件行业实施的问题。从软件企业实施IS09000失败的原因来看，主要是未考虑软件行业特点和企业特点，盲目照搬其它行业和企业的模式，领导的重视程度和推行力度不够。这些问题不解决，实施CMM同样会失败。
就内容来讲，IS09001不覆盖CMMI，也不完全覆盖IS09000。一般而言，通过ISO9001认证的企业可达到CMMI 2级或略高的程度，通过CMMI 3级的企业只要稍做补充，就可较容易地通过ISO9001认证。粗略地说，ISO9001近似于CMMI 2.5级。
IS09001与CMMI均可作为软件企业的过程改进框架，其不同之处是，一个是“泛用”，一个是“专用”。ISO9001标准面向合同环境，站在用户立场，要求对质量要素进行控制，规定了质量体系的最低标准。而CMMI标准则强调软件开发过程的成熟度，即内部过程的不断改进和提高。在形式上，ISO9001审核只有“通过”和“不通过”两个结论，而CMMI评定则是一个动态过程，软件组织在通过低级别评估后，可根据高级别的要求确定改进方略。